南京的别称有金陵、建业、石头城、建康、天京、秦淮、升州、京师、南都等。

金陵：战国时期，楚威王在此筑金陵邑，后称金陵。

石头城：孙权为了发挥吴军水军的优势，在清凉山上建筑石头城，作为水军基地，所以后来的南京又被称为石头城。

应天府：明朝初年建都于此，名为南京，也叫应天府。

建康：为南京于六朝时期的别称。

在六朝时期，建康城是当时世界上最大的城市，人口逾百万，是世界上第一个人口超过百万的城市。后到隋唐两代，南京虽然受到北方朝廷刻意贬抑，但地理上的优势使南京的经济、文化不断发展强大。宋代的南京是中国南方地区的政治、经济、文化中心。元代的南京成为监临东南诸省、统领东南各道的江南行御史台驻地。