鲟鳇鱼和中华鲟在科属及两鳃盖膜、体型、生活习性、繁殖时期、珍稀程度、分布范围方面不同。

科属及两鳃盖膜：鲟鳇鱼和中华鲟均属鲟科，但是前者是鳇属，而后者是鲟属，二者的最大区别在于鲟属的两鳃盖膜在峡部相连，鳇鱼鳃盖膜不在峡部相连，一般呈分离状。

体型：鲟鳇鱼，身体较长，没有鳞片，背部体色呈棕灰或褐色，腹部呈银白色。中华鲟，体型呈纺锤形，两端又尖又细，吻尖较长，鳞片覆盖了整个背部。

生活习性：鲟鳇鱼通常单个出行，河水游动时最为活跃，中华鲟生长期缓慢，是一种温水性动物。

繁殖时期：鲟鳇鱼通常出生五个月左右才可进行繁殖，而中华鲟的鱼卵经常粘附于江底的岩石上，需要入海培育。

珍稀程度：鲟鳇鱼是濒危动物，中华鲟是国家一级保护动物。

分布范围：鲟鳇鱼主要分布在中国黑龙江省附近，中华鲟则主要分布在中国长江附近。